Para o teste de FAN (Fator antinuclear) é necessário coletar amostras de sangue às quais é acrescentado um corante fluorescente, substância que ajudará a identificar a existência desse tipo de anticorpo. Essa mistura de sangue e corante é colocada em uma cultura de células. Se houver FAN reagente, as estruturas celulares afetadas ficarão fluorescentes, tais como o núcleo ou o citoplasma. Caso isso não ocorra, o resultado é classificado como fator antinuclear não reativo. 

Mas, após o primeiro resultado positivo, o teste será repetido outras vezes, com amostras diluídas de sangue. Se a fluorescência permanecer após 160 diluições (1:160), é bem provável que o paciente tenha uma doença autoimune. Valores iguais ou superiores a 1:320 confirmam a existência desse tipo de enfermidade em 97% dos pacientes, que apresentaram esse resultado no exame de tal fator. 

A repetição das análises é necessária porque até 15% da população pode apresentar resultado positivo no exame fator antinuclear sem ter qualquer doença autoimune. Isso acontece principalmente em análises de amostras de sangue de mulheres e pacientes idosos. Algumas doenças, como aids, mononucleose infecciosa, tuberculose, linfoma de Hodgkin e linfoma não Hodgkin, além de determinados medicamentos, também podem gerar o fator antinuclear falso positivo.

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