O déficit cognitivo, ou atraso mental, pode ser congênito ou adquirido. Sua causa é desconhecida na maior parte dos casos, mas, em algumas situações, é possível traçar um paralelo entre a condição e a gravidez ou, às vezes, até mesmo o parto. Quando a causa é genética, a origem é a síndrome de Down, a fenilcetonúria ou outras anomalias cromossômicas.

Alguns hábitos de risco durante a gestação aumentam as chances de desenvolvimento do distúrbio. O consumo de drogas ilícitas, consumo abusivo de álcool, má nutrição e a radioterapia durante a gravidez são fatores mais comuns para o déficit cognitivo.

Doenças, como a rubéola, sífilis, AIDS, toxoplasmose e outras também podem contribuir para o quadro.

Durante o parto, complicações como traumatismo, baixa concentração de oxigênio ou peso inferior ao saudável, já foram indicativos da condição. Diversos tipos de acidentes ou outras enfermidades também podem ser classificados como causa, já que o sistema nervoso e a integridade do cérebro do feto podem ser afetados de diversas maneiras.

Alguns estudos já demonstraram que condições externas aumentam a possibilidade do déficit adquirido. Entre elas está a subnutrição e o pouquíssimo contato com experiências culturais, em ambientes extremamente primitivos, por exemplo. 

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